هي الإدارة المسؤولة عن إجراء عمل تقييم المطابقة بالبلاد (Conformity assessment) المتمثلة في عمليات التفتيش وسحب العينات وإجراء الإختبارات وذلك عبر فروع الهيئة المنتشرة في مختلف المناطق بالبلاد والبالغة (26) فرعاً.
وفي إطار إحكام الرقابة علي الصادرات الوطنية والواردات المختلفة من السلع عبر موانئ البلاد المختلفة فالإدارة هي المسؤولة عن جميع العمليات الفنية على مستوى جميع أفرع الهيئة.
تمتلك الإدارة من المقومات المادية والبشرية ما يمكنها من القيام بهذه الإجراءات على أكمل وجه، حيث دُعمت الإدارة بأحدث الأجهزة والتقنيات المتطورة في مختلف التخصصات في مجال التفتيش والمختبرات.
تم إعداد وتأهيل وتدريب الكادر العامل بأقسام الإدارة المختلفة تدريباً نوعياً متكاملاً بغرض رفع الكفاءة الفنية ومواكبة أحدث الطرق العلمية العالمية في مجال التفتيش والإختبار.
من أجل الوصول للمراحل العالمية في وثوقية نتائج الإختبارات فقد نالت مختبرات الإدارة وفرع البحر الأحمر شهادة الإعتماد( EGAC) منذ العام 2013م، حيث بلغت درجة الوثوقية بمختبرات الهيئة مرحلة مميزة مكنتها من نيل الإعتراف الدولي لمختبراتها.
خطت الإدارة خطوات إيجابية ثابتة ومتقدمة في إجراءات بدء تنفيذ مشروع علامة الجودة (Product Certification). وذلك تشجيعاً ورفعاً لكفاءة وجودة منتجات المصانع المحلية بمنحها علامة الجودة من الهيئة، أقدمت الإدارة علي تنفيذ هذه العمليات تمهيداً لدخول السودان ضمن منظومة التجارة الدولية.
تلتزم إدارة الرقابة وتوكيد الجودة بممارسة جميع نشطات تقييم المطابقة استناداً على المعايير الدولية ونظم تقييم المطابقة المعتمدة حيث التزمت وقامت باعتماد مختبرات وفق المعيار الدولي (ISO/IEC 17025:2005) وتسعى لتوسيع المجال ليغطى مختبرات إضافية. كما تسعى لاعتماد كل من نظام التفتيش وفق المعيار الدولي (ISO/IEC 17020:2012) ونظام علامة الجودة وفق المعيار الدولي (ISO/IEC 17065:2012) .
تلتزم إدارة الرقابة وتوكيد الجودة بممارسة جميع أنشطة تقييم المطابقة مستخدمة العاملين ذوى الكفاءة المناسبة لكل نشاط أو عملية يقومون بها ، آخذة فى الاعتبار التدريب المستمر كسياسة منتظمة .
تلتزم إدارة الرقابة وتوكيد الجودة بتنفيذ جميع نشطات تقييم المطابقة فى استقلالية تامة مع عدم التحيز لأي طرف من الأطراف أو جهة من الجهات أو شخص من الأشخاص ، آخذة فى الاعتبار عدم التعرض والاستجابة للضغوط مالية كانت أو مجتمعية، أو الانقياد للتأثيرات تضارب المصالح والمغريات.
تلتزم الإدارة بسرية المعلومات ذات العلاقة بالعملاء وذلك فى إطار القانون .
تهتم إدارة الرقابة وتوكيد الجودة بعملائها وشكاواهم واستئنافاتهم التى يقدمونها، كما تسعى لمعالجتها بقدر ما هو مناسب .
يتكون الهيكل التنظيمى لادارة الرقابة وتوكيد الجودة من قسمى المختبرات والتفتيش اضافة الى وحدات تتبع لمدير الادارة وهى وحدات علامة الجودة ووحدة الدعم الفنى اضافة لوحدة الاشراف الادارى