يتبع قسم الرقابة والتفتيش لإدارة الرقابة وتوكيد الجودة ويعتبر المدخل الرئيسى لكل أنشطة الإدارة التي تعني بتوكيد جودة السلع المختلفة وإحكام الرقابة عليها إستناداً علي المواصفات والمعايير واللوائح والمتطلبات الأخرى. يقوم قسم الرقابة والتفيش بالرقابة علي الواردات والصادرات ومواقع إعداد سلع الصادر ويتفرع للآتي:
ويتكون من ثلاثة وحدات
تعتبر وحدة الوارد والعينات هي البوابة التي تمر عبرها الواردات للسودان من السلع في حالات البوند والإفراجات المؤقتة وكشف وتفتيش وارد خام التصنيع المحلي. بالإضافة لتقديم خدمات إستلام عينات شخصيه بغرض التحليل وتقديم الأستشارات الفنية لنيابة حماية المستهلك والجهات ذات الصله الأخرى.
تعتبر وحدة الصادر البوابة التي تنفذ عبرها المنتجات السودانية الي الخارج ويقع علي عاتقها حماية المنتجات السودانية المعدة للتصدير وتأكيد جودتها للمنافسة الخارجية وكذلك الرقابة علي مواقع إعداد الصادر من ( مدابغ جلود ، وكالات ، غرابيل مصانع والصمغ العربي والمخازن)