قسم المختبرات يتبع لمدير إدارة الرقابة و توكيد الجودة و هو القسم المسئول من المختبرات بالإدارة فنياً و إدارياً .
يحتوي قسم المختبرات علي خمس وحدات تتبع لرئيس القسم وهي وحدات :-
و هي الوحدة المسئولة عن إجراء كل الإختبارات الخاصة بالإحياء الدقيقة و التقانة الحيوية و الملوثات وتضم مختبرات : -
حيث تتم فيها عمليات الفحص وفقا للمواصفات و المعايير السودانية و الإقليمية و الدولية المعتمدة من قبل الهيئة علي جميع رسائل الموادالغذائية الصادرة و الواردة للبلاد كالالبان ومنتجاتها ومشتقاتها- الاجبان ومشتقاتها- اللحوم- العصاير الطبيعيه – العصائر الغازيه- المشروبات الغازيه- المياه بأنواعها - الكشف عن السلع المحورة وراثياً مثل : التقاوي بأنواعها – الصويا اللحوم المصنعة – الكلورن فلكس – البسكويتات بأنواعها – الفشار – المكرونات – شرائح البطاطس - الكشف عن دهن الخنزير و الكشف عن العناصر الثقيله في المواد الغذائية و لعب الأطفال .
وهى الوحده التي يتم فيها إجراء الفحوص علي مكونات ومحتويات ونسب المواد الداخله فى تصنيع المواد الغذائىه والمأكولات و تضم مختبرات :-
حيث يتم فيها عمليات الفحص لجميع سلع الصادر و الوارد عبر مواني البلاد المختلفةو ذلك وفقاللمواصفات و المعايير السودانية و الإقليمية و الدولية المعتمدة للمواد الغذائية :-
المياه و أنواعها - الزيوت بأنواعها - السموم الفطرية - الألبان و مشتقاتها - الأصماغ و السكريات- المعلبات - العصائر اللحوم - مدخلات الإنتاج للمواد الغذائية - الأعلاف - الحبوب الزيتية - السجاير – التبغ – الشاى – الكركدي ، كما يتم الكشف أيضاً عن جميع أنواع الحبوب و مشتقاتها – القمح و مشتقاته – محسنات الخبز – النشأ – الوجبات الغذائية للأطفال .
كذلك يتم الكشف عن جميع أنواع مستحضرات التجميل و المنظفات و المطهرات – السنمكة – الحناء.
و هي الوحدة التي تتم فيها أنشطه الإختبارات على مكونات ومحتويات ونسب المواد الهندسيه وتضم مختبر ات :-
حيث يتم بها فحص جميع أنواع السلع الواردة و الصادرة وذلك بتطبيق المواصفات و المعايير السودانية و الإقليمية و الدولية المعتمدة من قبل الهيئة للسلع الأتية :-
جميع أنواع الأسمنت ، الطلاءات ، الورنيشات ، اللواصق ، الجبص ، البورسلين ، الأجهزة الكهربائية ، المعدات المنزلية ، حديد التسليح بأنواعه المختلفة ، الطوب الأسمنتي ، البلكات الأسمنتية الزيوت والشحوم البترولية و المنسوجات .
تضم التحاليل بأجهزة الكروماتوغرافى والمطيافية الضوئية حيث يتم فحص جميع أنواع السلع الواردة و الصادرة للكشف عن الملوثات المتمثلة فى متبقى المبيدات، والعناصر الثقيلة فى الأغذية والمياه والبرومات فى المياه.
وهى الوحدة المناط بها عمليات صيانة ومعايرة الأجهزة والتأكد من كفاءتها.